相談事例Q&A

消費税の還付申告をした後、当該還付額を減少させる修正申告をした場合の過少申告加算税の取扱い

[令和7年4月1日現在法令等]

Q. 質問

 申告期限内に消費税の還付申告をしました。その後、その申告した還付額が過大だったため、その還付額を少なくする修正申告をしました。なお、当社では、まだ国から当初の確定申告による還付金は受領していません。このような場合でも、過少申告加算税は課されるのでしょうか。

A. 回答

 当初申告による還付金の受領の有無に関係なく、当初申告から還付金が減少した分に対して、過少申告加算税が課されます。
 国税通則法第65条1項では、期限内申告書(還付請求申告書を含む。)が提出された場合において、修正申告書の提出又は更正があったときは、当該納税者に対し、その修正申告又は更正に基づき納付すべき税額に百分の十の割合を乗じて計算した金額に相当する過少申告加算税を課する、と規定しています。
 この「納付すべき税額」に還付金が含まれるか否かが問題となります。一見すると、「納付すべき」とありますので、還付の場合は関係ないように思われます。
 しかし、「納付すべき税額」の解釈について、東京高裁平成9年6月30日判決では、以下のように説明し、還付の場合にも過少申告加算税が課されることを、次のように判示しています。
 「納税者の確定申告により国が納税者に対し還付金を還付すべき義務が発生するが、他方、その後に修正申告又は更正があった場合には、納税者はそれにより減少した部分の還付金を国に納付すべき義務が発生するものである。そして、これらの義務は併存しているものであり、理論的には、国が確定申告による還付金を還付する一方、納税者が修正申告により減少した部分の還付金を納税することが想定されているものといえる。納税者の修正申告による還付金納付義務は、一般の納税義務の性質と異なるものではなく、先に還付金を受領していたか否かによって本来の性質が変わるものでもなく、ただ国の還付金還付義務と納税者の還付金納税義務の各履行の一態様として、還付金がまだ還付されていない場合には、国によって納税者の還付金納税義務に修正申告により還付すべき還付金を充当されることがあり得るにすぎない。」
 したがって、「納付すべき税額」は納税する場合だけでなく、還付されているか否かに関わりなく還付額が減少した場合も含むということになります。

参考条文等

国税通則法第65条第1項                                                                           東京高裁平成9年6月30日判決(税務訴訟資料223号1290頁)                                                            国税不服審判所平成7年11月6日裁決(裁決事例集No.50 1頁)


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